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運用ELISA檢測試劑盒進行實驗時，應別離以陽性對照與陰性對照操控實驗條件，待檢樣品應作一式二份，以保證實驗效果的準確性。ELISA試劑盒有時本底較高，說明有非特異性反應。
在ELISA中，進行各項實驗條件的選擇是很重要的，其間包含：

固相載體的選擇：許多物質可作為固相載體，如聚氯乙烯、聚苯乙烯、聚丙酰胺和纖維素等。其形式可所以凹孔平板、試管、珠粒等。現在常用的是40孔聚苯乙烯凹孔板。不論何種載體，在運用前均可進行挑選：用等量抗原包被，在同一實驗條件下進行反應，觀察其顯色反應是否均一性，據此判明其吸附性能是否良好。

包被抗體（或抗原）的選擇：將抗體（或抗原）吸附在固相載體表面時，要求純度要好,吸附時一般要求PH在9.0～9.6之間。吸附溫度，ELISA試劑盒時刻及其蛋白量也有一定影響,一般多選用4℃18～24小時。蛋白質包被的適濃度需進行滴定：即用不同的蛋白質濃度（0.1、1.0和10μg／ml等）進行包被后，在其它實驗條件相一起，觀察陽性標本的OD值。選擇OD值大而蛋白量少的濃度。關于大都蛋白質來說一般為1～10μg／ml。

除此之外還要注意以下事項：
1.承認ELISA檢測試劑盒在有效期內；
2.仔細閱讀闡明書；
3.按說明書承認全部試劑*（數量、體積）；
4.標本制備要規范，ELISA試劑盒每份標本體積要按2-3個復孔以上的量制備，盡量分裝做備份。短期內無法實驗者，注意低溫保存；
5.依據檢測標本數量承認所需試劑的量；
6.準備好全部實驗額定所需物品，如試管、吸頭、移液器、離心機等；
7.按闡明書將所用試劑平衡至室溫，制作所需試劑。